分別是復旦大學附屬金山醫院、復旦大學附屬上海市第五人民醫院、上海市（復旦大學附屬）公共衛生臨床中心、復旦大學附屬華東醫院、復旦大學附屬浦東醫院（籌）、復旦大學附屬精神衛生中心（籌）、復旦大學附屬青浦區中心醫院（籌）、復旦大學附屬靜安區中心醫院（籌）。包括東安路兩側的東園、西園、護理學院、放射醫學研究所及部分零星分散用地，非直屬醫院8所，楓林校區總用地面積19.2萬平方米（不含附屬醫院）。上海醫學院位于上海繁華的徐家匯東側（藥學院已于2009 年初整體搬遷張江校區），現有附屬醫院14所，分別是復旦大學附屬中山醫院、復旦大學附屬華山醫院、復旦大學附屬腫瘤醫院、復旦大學附屬婦產科醫院、復旦大學附屬兒科醫院、復旦大學附屬眼耳鼻喉科醫院。其中直屬醫院6所。