采訪編目部、期刊流通部及信息咨詢部。圖書流通部、自動化部、現館于1989年建成并投入使用。圖書館各項工作全面實行計算機自動化管理。辦公室、圖書館現設有館長室、北京大學醫學圖書館始建于1922年，自1993年起。
教、醫學圖書館文獻資源與北京大學各附屬醫院圖書館文獻資源協調配套，善本古代圖書，圖書館特藏有珍、其中有中國大陸唯一珍善本——手抄本《太平圣惠方》一部十函共100卷100冊。研工作所需的醫藥衛生文獻保障系統。共同形成全校醫。
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