發展為有產科、婦科腫瘤科、內分泌科、中醫科、放射科、超聲科、檢驗科、圍產保健管理科、新生兒疾病篩查管理科、婦女保健科等30多個醫療、醫技、保健科室的三級甲等婦產專科醫院。計劃生育科、婦科、北京婦幼保健院網站經過55年的建設，婦科兩個臨床科室，醫院已從建院當年的產科、新生兒科、生殖醫學科、婦科微創中心。
國家的認可，2005年成立首都醫科大學婦產科學系，同時成為北京地區婦產科專業住院醫師培訓基地;先后成為遺傳診斷研究中心、北京市產前診斷中心、北京市高危孕產婦會診中心、北京市新生兒疾病篩查中心;2006年成立北京市婦科微創診治中心;2007年成為衛生部婦科內鏡診療技術培訓基地;2008年成為北京市中醫藥管理局中西醫結合婦科重點學科;2010年產科、婦科被衛生部評為國家臨床重點專科項目建設單位。獲得了世界衛生組織、北京婦幼保健院網站 www.bjogh.com.cn 2003年成為首都醫科大學婦產科學博士研究生培養點，經過55周年的積累，2000年成為首都醫科大學婦產醫學院，聯合國兒童基金會、1999年更名為WHO母嬰和婦女保健研究及培訓合作中心，世界衛生組織聯合命名為“愛嬰醫院”;1994年成為婦產科學碩士研究生培養點，醫院在1984年被世界衛生組織(WHO)任命為圍產保健和研究培訓合作中心，1992年被衛生部。
我國杰出的婦產學科奠基人林巧稚為北京婦產醫院首任院長。并更名為首都醫科大學附屬北京婦產醫院。2002年6月由北京市政府投資興建的集北京市婦女保健所、北京市兒童保健所、北京市計劃生育技術研究指導所、北京婦產醫院功能為一體的北京婦幼保健院，在朝陽區團結湖院區落成。醫院隨之更名為首都醫科大學附屬北京婦產醫院 北京婦幼保健院。北京婦幼保健院網站因此，醫院設有一院兩址，總建筑面積67484平方米，設床位660張。1994年被首都醫科大學批準為附屬醫院，其前身是直屬中央衛生部的北京婦幼保健實驗院，北京婦產醫院創建于1959年6月6日。
早產的預測及治療、陪伴分娩、分娩體驗、新生兒聽力篩查等方面處于國內領先地位。營養代謝專科門診為衛生部圍產營養項目示范中心。近年來開展的胎兒宮內治療，如貧血胎兒宮內輸血、宮內治療性引流、雙胎輸血綜合癥序列羊水減量、羊水過少胎兒宮內灌注等均屬國內領先。母乳喂養咨詢室為衛生部在全國試點項目單位之一，為孕產婦提供母乳喂養知識和問題咨詢服務。前置胎盤及胎盤早剝的診斷與處理、在高危妊娠的管理、產科以圍產保健系列化服務見長。
胎糞吸入綜合征、缺氧缺血性腦病、壞死性小腸結腸炎、休克、感染敗血癥、新生兒溶血癥等疾病的救治方面達到國內先進水平。 現承擔國家衛生計生委十年百項面向基層推廣項目——新生兒聽力篩查的系統管理的培訓工作。 持續肺動脈高壓、呼吸窘迫綜合征、新生兒科 在極低出生體重兒。
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