2001年 元培計劃管理委員會成立，標志著肩負北京大學教育改革使命的元培計劃開始實施;
自由選擇專業和課程
自由選擇全校任意課程，并在經過一段學習之后再依照興趣和能力自由選擇專業方向。學生可在學校教學資源允許的條件下。
交叉學科專業
根據需要設立新專業的功能。“政治學、已經開始招生的交叉學科專業有“古生物學”、學校賦予元培學院利用學校現有資源，經濟學與哲學”和“外國語言與外國歷史”。2014年元培學院開設了全新的“整合科學專業”，組織全校最好的教師群體教授相應課程，目的是將數學、物理、北京大學元培學院網站化學和生物等學科相互打通并做內在整合，以培養既有扎實的數理化基礎，又對生命科學這一蓬勃發展的新學科有深刻了解的人才。
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