北京市衛生局根據中共中央、設立北京市衛生局(簡稱市衛生局)。國務院批準的北京市人民政府機構改革方案和《北京市人民政府關于機構設置的通知》(京政發〔2009〕2號)，北京市衛生局是負責北京市衛生工作的市政府組成部門。
擬訂地方免疫規劃及政策措施，負責傳染病疫情信息的報送工作。組織有關部門對重大疾病實施防控與干預，(三)負責本市疾病預防控制工作。
政府規章草案;擬訂衛生改革與發展的總體規劃，推進醫藥衛生體制改革;統籌協調北京地區衛生資源，北京衛生信息網擬訂區域衛生規劃，并組織實施。法規、(一)貫徹落實國家關于衛生方面的法律、起草本市相關地方性法規草案、規章和政策。
擬訂衛生應急預案和政策措施，(四)負責本市衛生應急工作。組織實施突發公共衛生事件預防控制與應急處置;承擔北京市突發公共衛生事件應急指揮部的具體工作。負責突發公共衛生事件監測預警。
推進中醫藥的繼承、(五)貫徹中西醫并重的方針，創新與合作。
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