港口主營業務形成“一軸兩翼”發展布局，集裝箱業務以欽州港區為中軸，并通過“穿梭巴士”進行欽北防三港區間干支線集疏，培育區域集裝箱干線港；以防城港區為“左翼”，發展大型散貨碼頭，主要服務本地及云貴川等西南區域；以北海港區為“右翼”，主要服務臨港企業工業及桂東南區域；貴港港區則圍繞自治區“雙核驅動”戰略，通過布局內河港與海港的一體化運作，有機銜接北部灣經濟區和西江經濟帶，著力打造成為西江流域港口物流標桿。北部灣港物流。
北港股份目前擁有及管理沿海生產性泊位72個，萬噸級以上泊位65個，10萬噸級以上泊位26個，15萬噸級以上泊位11個，20萬噸級以上泊位2個，年吞吐能力超過2.65億噸。截至目前，共開通內外貿集裝箱航線52條，其中外貿集裝箱航線28條，北部灣港集裝箱，內貿集裝箱航線24條，基本實現了東盟國家及全國沿海主要港口全覆蓋。
2019年北部灣港集裝箱增速超過30%，公司營業利潤率、凈資產收益率高。北部灣港（本港）貨物吞吐量從2015年的1.28億噸增長到2019年的2.05億噸，年均增長率達12.47%，其中集裝箱從2015年的141萬標箱增長到2019年的382萬標箱，年均增長率達28.30%，遠高于全國沿海港口平均增長水平。近年來，北部灣港生產經營始終保持高速增長勢頭。
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