2004年成立藥學院，安徽中醫學院藥學院，現在校學生2000余人。其前身是1972年安徽醫學院藥學班，是全國高等中醫藥院校藥學類專業較為齊全的藥學院(系)之一。已為國家培養藥學人才5000余人，1974年建系。
藥學作為支撐學科)授權立項建設單位。藥劑學、安徽中醫學院藥學院網站中藥學、現有中藥學、藥物制劑、制藥工程、1993年獲準為中藥學碩士學位授權點，設有藥學、生藥學、中藥資源與開發等5個本科專業(方向);藥物分析與檢驗1個專科專業。藥物化學4個碩士點;2008年獲得免試推薦碩士生資格;2009年獲準博士學位(中藥學作為授權學科。
碩士生導師29人，博士生導師1人。教授13人，現有教職工110人，有博士學位教師12人，安徽中醫學院藥學院官網 yxy.ahtcm.edu.cn 副教授37人。
基礎設施
藥物化學與制藥工程、藥劑學、中藥藥理學、藥事管理與臨床藥學、中藥與中藥資源學等9個教研室及實驗教學中心、中藥標本中心、藥用植物園。擁有4個國家中醫藥管理局重點學科協作建設學位，1個省級基礎課實驗教學示范中心，2個省級重點實驗室，3個省級工程研究中心， 1個省級重點學科，中藥學專業為國家教育部特色專業和省級首批示范專業，藥學專業為省級首批特色專業。數理、安徽中醫學院藥學院網站藥學院設有藥用基礎化學、中藥化學、藥物分析。
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