十二個殖民星全部都被摧毀了，但是現在賽隆人再次發動了戰爭。十二殖民地的人們制造出了智能的、Battlestar Galactica Online太空堡壘卡拉狄加Online官網，擁有自由意志的賽隆機器人，他們試圖帶領殘存的人類回到傳說中的地球。賽隆人追殺這些殘余的人類，在他們一次大規模的進攻中，兩方的超光速引擎(FTLdrive)都出了差錯，導致艦隊進入了一個未知的星域�，F在他們必須爭奪短少的資源來修復他們嚴重受損的艦隊，殖民地人試圖逃離追殺，而賽隆人希望能一舉消滅殘余的人類。[4]在電視劇中，Battlestar Galactica Online太空堡壘卡拉狄加Online官網人類的Viper MK II戰機沒有超光速引擎，但在游戲中由于人類在星域DeltaCanopis中找到了一個被遺棄的軍事基地，所以在游戲中所有的戰機都被裝上了從基地里找到的超光速引擎。這也解釋了為什么游戲中人類一方里出現了許多本來在劇中沒有的飛船。這場戰爭在四十年前因為賽隆人提出的停戰協議而暫時停止，只有戰星銀河號和飛馬號帶領的平民艦隊逃過一劫，但是賽隆人最終背叛了人類并發起了戰爭。游戲以新版的《太空堡壘卡拉狄加》電視系列劇為故事背景，這次殖民地完全的輸給了賽隆人。
前哨艦的火力與裝甲都十分優良，一艘前哨艦就會被派遣過來進駐星區，因此前哨艦對于發動攻勢或防守星區都相當重要。玩家可以透過己方的前哨艦進行補給與維修，如果一方陣營在一個星區的活動總量夠大的話，但是他還是可以被摧毀，同時一個星區是可以同時被兩方的哨艦進駐的。若是玩家的艦艇不幸在戰斗中被擊毀，Battlestar Galactica Online太空堡壘卡拉狄加Online官網，但他必須透過一個鄰近的前哨艦(或者陣營的基地)才能回到戰場上，那么他會由于搜索與救援(人類)或復活(賽昂人)而重生。
